Мир опасно отстает в отслеживании появления новых вариантов COVID-19 из-за того, что не может достаточно быстро масштабировать геномное секвенирование новых случаев, чтобы отслеживать мутирующий вирус. Фонд AIDS Healthcare (AHF) призывает страны сотрудничать и взять на себя обязательство по достижению глобальной цели по секвенированию не менее 5% всех случаев COVID-19 и последовательному представлению результатов в течение недели.
По данным Глобальной инициативы по обмену данными о птичьем гриппе (GISAID), крупнейшей глобальной платформы с открытым доступом, которая отслеживает геномное секвенирование SARS-CoV-2, в настоящее время только около 1.5% всех случаев были секвенированы и зарегистрированы в GISAID. В то время как в нескольких странах дела обстоят хорошо, например, в Австралии и Исландии секвенировано 58.6% и 57% случаев соответственно, в большинстве стран этот показатель значительно ниже 5%, включая многие развитые и промышленно развитые страны. Что еще хуже, большинство отчетов, поступающих в GISAID, безнадежно устарели: в среднем с момента сбора данных странам требуется почти 78 дней, чтобы отправить их в GISAID. С задержкой отчетности более 2.5 месяцев такие старые данные серьезно подрывают усилия по реагированию на постоянно меняющийся вирус.
«Секвенирование генома имеет решающее значение, потому что мы, вероятно, наблюдаем развитие эпидемиологической картины со значительной задержкой во времени — данные, которые доступны сейчас, представляют собой моментальный снимок того, что происходило месяц назад или дольше», — сказал президент AHF. Майкл Вайнштейн. «Если, например, прямо сейчас появится новый вариант на Ямайке, в Перу или на Украине, мы узнаем об этом только в следующем месяце. Это вопрос глобальной безопасности в области здравоохранения, и Соединенные Штаты могут играть важную роль лидера в секвенировании генома, активизируя эти усилия внутри страны и помогая в этом другим странам. Без своевременных данных глобального геномного секвенирования мы летим вслепую и сражаемся во вчерашней войне».
AHF начал финансирование проектов геномного секвенирования через свой Глобальный институт общественного здравоохранения в Университете Майами, чтобы продемонстрировать, как такая модель может быть развернута быстро и эффективно. С момента запуска в начале этого года инициатива вышла за пределы Майами. В ответ на запрос предложений по геномному секвенированию AHF получила заявки от Мексики, Аргентины, Бразилии, Уганды, Кении, Индии, Тринидада и Тобаго и Таиланда, а также выражения заинтересованности от Ямайки, Филиппин и Украины.
«Мы финансируем проекты по секвенированию генома, чтобы показать, что мы не только говорим об этом и требуем дополнительных действий, но и делаем это. Одно из требований к грантам, финансируемым AHF, заключается в том, что данные должны быть переданы GISAID, чтобы каждый во всем мире мог извлечь выгоду из этих знаний», — сказал он. Доктор Хорхе Сааведра, исполнительный директор Глобального института общественного здравоохранения AHF Университета Майами.
Профессор Марио Стивенсон, известный вирусолог из Университета Майами и один из получателей гранта AHF, охарактеризовал важность отслеживания новых вариантов SARS-CoV-2 как способа узнать своего врага. «Лучший способ бороться с врагом — знать врага изнутри. Геномное секвенирование позволяет нам точно знать, как меняется коронавирус, как он может развиваться и атаковать, и является ли это вариантом, вызывающим озабоченность, или вариантом, представляющим интерес, за которым следует внимательно следить», — сказал профессор Стивенсон.
